NCBI 生物数据检索与下载平台

从一个编号,到一份完整的数据。

基研数科为科研人员把 NCBI 变得好用:国内直接访问镜像,七个数据库统一检索,桌面客户端多路并行下载、逐个文件校验;本地网速不够,就交给网盘离线下载。

7个 NCBI 数据库
4种获取数据的方式
MD5每个文件都校验
参考基因组 · Homo sapiens
GCF_000001405.40
下载任务U4-3A6255F1

GRCh38.p143 个文件 · 多路并行

  • GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.fna.gz
  • GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.gff.gz
  • GCF_000001405.40_GRCh38.p14_protein.faa.gz
已完成 1 / 3校验通过才计费
测序数据 · Mus musculus
SRR18159266
下载任务U4-7C19E02B

SRR18159266RNA-Seq · PAIRED

R1 正向读段插入片段反向读段 R2
  • SRR18159266_1.fastq.gz
  • SRR18159266_2.fastq.gz
已完成 0 / 2默认交付 FASTQ
表达数据 · Homo sapiens
GSE164378
下载任务U4-51D8A6C4

GSE164378选择下载格式

CD3ECD8AMS4A1CD14NKG7PPBP
样本 →表达量
Series MatrixSOFTSupplementaryMINiML
从 GSE 编号到矩阵文件格式任选
网盘离线下载 · 小鼠 RNA-Seq
PRJNA797480
网盘任务1.4 TB

PRJNA79748012 个 run · 不占本地带宽

1云端下载按编号获取
2上传网盘分批上传
3分享链接消息通知
每个文件附 MD5完成后消息通知
批量下载 · Nucleotide
NC_045512.2 …
下载任务U4-0B4E77D9

200 条核酸序列一个下载码

每格一个编号已完成 0 / 200
中断后用同一下载码继续已完成的自动跳过
数据库

七个数据库,
一处检索。

按物种、关键词检索,或者直接贴编号查询。结果表可以筛选、勾选、批量下载,常用的元数据一并列出。

基研数科 · NCBI 数据下载
获取方式

同一份数据,
四种拿法。

网页上检索、勾选、生成下载码;之后用桌面客户端、命令行或者网盘离线下载,都凭这一个下载码取数据。按自己的网络和习惯选。

01网页

检索、勾选,拿到下载码

筛选条件、文件类型一次选好,几百个编号可以批量粘贴。

GCF_000005845.2K-12 MG1655
GCF_000008865.2O157:H7 Sakai
GCF_002853715.114EC020
下载码
U4-3A6255F1

一个下载码,任意方式取数据

桌面客户端命令行网盘离线下载
02桌面客户端

多路并行,下完自动校验

先测速选最快的线路;中断了用同一个下载码继续。

线路 A
线路 B
线路 C
自动选用最快线路MD5 3 / 3
03网盘离线下载

网速不够,交给云端下好,发到百度网盘

贴上编号就能提交,完成后用分享链接和提取码取文件,附带每个文件的 MD5。

排队已提交
云端下载按编号获取
上传网盘分批上传
完成消息通知
04命令行

一行命令,放进你的分析流程

在服务器或脚本里直接调用,适合批量任务和自动化。

NCBI 镜像

PubMed、BLAST,
打开就能用。

和官网一样的页面、一样的功能,在国内也能顺畅浏览。选一个标着「推荐」的节点即可进入;桌面客户端里内置镜像,会自动挑选节点。

PubMed文献检索、摘要原样可读
BLAST在线比对,结果页完整显示
Gene基因档案、序列链接可用
改域名直达把网址里的域名换掉即可访问
NCBI 镜像 · PubMed
CRISPR base editing
Search
Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage.
Komor AC, Kim YB, Packer MS, Zuris JA, Liu DR.
Nature. 2016
Programmable base editing of A•T to G•C in genomic DNA without DNA cleavage.
Gaudelli NM, Komor AC, Rees HA, et al.
Nature. 2017
NCBI 镜像 · BLAST
blastn · 比对结果Per. ident
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome100%
Escherichia coli O157:H7 str. Sakai DNA, complete genome99.5%
Shigella flexneri 2a str. 301, complete genome98.8%
选择节点状态
节点 1推荐
节点 2推荐
节点 3可用
Streptococcus suis · 猪链球菌共 9,718 条结果 · 第 1 页
导出 CSV
StrainHostIsolation SourceCountry/RegionCollection
BM407—human case of meningitisViet Nam2004
NCTC10234Pig—United Kingdom1961
ISU2812Sus scrofa domesticusrespiratory tractUSA2012
SS/UPM/MY/F001Felis catusOral cavityMalaysia2020-08-19
2022WUSS148swinebrain tissueChina: JiangXi2022-04-06
ID26102Sus scrofa domesticustonsilThailand2008-05
CZ130302pig—China: Jiangsu2013-03-02
宿主信息

宿主、来源、地区,
一张表看全。

检索基因组时,宿主、分离来源、采集国家和时间直接列在结果表里,不用再一条条点进样本页面查;连同这些信息一起导出 CSV。

本页 20 条按宿主归类导出后即可统计
猪14
人2
猫1
未填写3
中国10英国2泰国2美国1马来西亚1西班牙1越南1
SRA 测序数据

测序数据,
直接拿到 FASTQ。

不用自己装 SRA Toolkit、也不用再转格式。客户端和网盘离线下载默认交付 FASTQ,双端数据自动分成 R1、R2;需要原始 .sra 文件,在设置里切换即可。

  • 按 Layout 筛出双端数据
  • 未配对的读段默认不交付,需要时可勾选
  • 每个文件附 MD5,下完即校验
SRR18159266Mus musculus · ILLUMINA · PAIRED
.sraFASTQ
R1SRR18159266_1.fastq.gz正向读段MD5 一致
R2SRR18159266_2.fastq.gz反向读段MD5 一致
U未配对读段可选,默认不交付可勾选
1检索按编号或关键词
2筛选Layout = PAIRED
3生成下载码勾选后一键创建
4下载并转为 FASTQR1 / R2 自动拆分
5MD5 校验通过才计费
基研工具箱

拿到序列以后,
顺手做完下一步。

几个高频的小分析,在桌面客户端里就能完成,不必再另找软件、另配环境。

01

CDS 检索

贴入一批蛋白编号,批量找回对应的 CDS 核酸序列,映射表可导出 CSV。

NP_000537.3p53 · 393 aaNM_000546.6CDS · 1,182 bp
NP_001119584.1p53 · 393 aaNM_001126112.3CDS · 1,182 bp
02

ORF 预测

贴入核酸序列预测开放阅读框,按物种选择遗传密码表,细菌、噬菌体、病毒都适用。

+1+2+3
3 个读框 · 4 个 ORF密码表 11 · 细菌/古菌/噬菌体
03

基因定位

上传 GenBank 注释文件,按基因名、产物或 locus_tag 找到基因,导出核酸或蛋白 FASTA。

dnaA 找到 1 个基因 14,641,652 bp
locus_tag · b3702核酸 FASTA 蛋白 FASTA
04

自建 BLAST

用自己的 FASTA 序列建库并比对,基于 NCBI BLAST+,在本机完成,不上传服务器。

blastn · 本地库 my_contigs · Identities 30/30 (100%) Query 1 ATGACCATGATTACGGATTCACTGGCCGTC 30 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGACCATGATTACGGATTCACTGGCCGTC 30
计费方式

用多少,付多少。

没有套餐,也不用预先购买容量。下面三条,就是全部的计费规则。

01
按实际下载量计费

按实际下载的数据量结算;检索、建下载任务都不收费。

02
每月免费额度,优先抵扣

绑定公众号即可每月领取免费额度,扣费时先用额度,再用余额。

03
校验通过才计费

文件下完、校验通过才扣费;下载任务失败或取消不收费。

日志记录每一笔都能查到
本月免费额度优先抵扣
GNGRCh38.p14 · 3 个文件Genome · 桌面客户端校验通过 · 已计费免费额度抵扣
SRSRR18159266 · FASTQSRA · 桌面客户端校验通过 · 已计费按实际数据量
PJPRJNA797480 · 12 个 run网盘离线下载进行中完成后计费
GEGSE164378 · MatrixGEO · 命令行已取消不收费
NT200 条核酸序列Nucleotide · 批量任务失败不收费

下一份数据,
从这里开始下载。

注册即可开始检索;每月有免费额度,先试试再说。

七个数据库一处检索,按编号直达
四种方式网页、客户端、命令行、网盘
逐个校验MD5 一致才计费